Foi em 1840 que o Benoit-Jules Mure, um discípulo de Samuel Hahnemann introduziu a homeopatia no Brasil. O propósito inicial de Mure era inserir a prática social de Charles Fourier. Então com apoio de D. Pedro II e do governo brasileiro o médico estabelece um falanstério no interior de Santa Catarina. Contudo, sua empreitada não é bem-sucedida, por isso Benoit retorna para o Rio de Janeiro e começa a ensinar, praticar e divulgar a homeopatia. O médico português João Vicente Martins se torna o primeiro discípulo de Mure no Brasil, difundindo a homeopatia no norte e nordeste do país. Algum tempo depois em 2 de julho de 1859 é fundado o (IHB) Instituto Hahnemanniano do Brasil, na cidade do Rio de Janeiro.

O crescimento da homeopatia no Brasil foi rápido. Sendo que no final do século XX o movimento positivista brasileiro se apropriou da prática através de seus seguidores do Instituto Militar de Engenharia, no Rio de Janeiro. Conquistando o apoio do governo republicano à homeopatia, que reconheceu a prática e ensino. Para tal fim criou enfermarias no Hospital Central do Exército e no Hospital da Marinha, ainda no começo do século XX. Outras figuras da época como Monteiro Lobato e Rui Barbosa também interessarem pela prática da homeopatia.

A homeopatia manteve seu crescimento e fortalecimento até os últimos anos da década de 1920. Período no qual começa o seu declínio, impulsionado, talvez, pela chegada da terapêutica química na medicina. Que apresentou as sulfas e mais tarde os antibióticos. Ainda, podemos destacar o despreparo filosófico dos médicos para o exercício da homeopatia. 

O impacto foi profundo que na década de 1960 a homeopatia quase desapareceu do país. Sendo praticada por alguns remanescentes nas cidades do Rio de Janeiro e São Paulo. Nesta mesma época com o fim dos modismos, a população voltou sua atenção aos métodos antigos. Assim a homeopatia retoma seu lugar entre os sistemas de tratamento mais procurados em todo o mundo.

O ensino da homeopatia foi oficializado no Brasil em 1918, através do decreto 3530.

Em 1976 com a chegada do médico argentino Prof. Francisco Xavier Eizayaga foi concebido o curso de especialização em Homeopatia com duração de 2 anos, sendo que as aulas eram ministradas 1 final de semana por mês.

A homeopatia foi reconhecida pelo Conselho Federal de Medicina como uma especialidade médica através da portaria CFM n. 1000 em 4 de julho de 1980. A AMHB surgiu na mesma época. Desde então a homeopatia ganhou força e mais apoio entre a classe médica.